O ISA atua com três programas regionais: o programa Vale do Ribeira, no Sudeste de São Paulo, o programa Xingu, no Mato Grosso e Pará,  e o programa Rio Negro, no Amazonas e em Roraima. Nesses programas, apoiamos nossos parceiros locais com assessoria técnica para o desenvolvimento de projetos de proteção territorial, fortalecimento cultural e político ou geração de renda por meio de alternativas econômicas, entre outras frentes de trabalho. 

O objetivo do programa Vale do Ribeira é contribuir para a construção de um modelo de desenvolvimento regional pautado na riqueza socioambiental da Mata Atlântica, e ele ocorre em parceria com associações quilombolas, organizações da sociedade civil e o poder público da região. Já o Programa Xingu, tem como objetivo contribuir com o ordenamento socioambiental da Bacia do Rio Xingu, considerando a expressiva diversidade socioambiental que a caracteriza e a importância do corredor de áreas protegidas de 28 milhões de ha que inclui Terras Indígenas e Unidades de Conservação, ao longo do Rio Xingu. O Programa Rio Negro, por sua vez, promove e articula processos e múltiplas parcerias para construir uma plataforma de responsabilidade socioambiental transfronteiriça e compartilhada pelo desenvolvimento sustentável da Bacia do Rio Negro, no Noroeste Amazônico, lar para 40 povos indígenas em 86 territórios indígenas, reconhecidos oficialmente, e 16 ainda sem reconhecimento.

O ISA tem oito escritórios distribuídos em seis estados, para garantir sua presença e fortalecer a parceria com associações e comunidades locais. Os escritórios do ISA estão localizados em: São Paulo, SP (sede), Altamira (PA), Boa Vista (RR), Brasília (DF), Canarana (MT), Eldorado (SP), Manaus (AM) e São Gabriel da Cachoeira (AM)